بعد تطبيق القانون المذكور أصبح للعتبة مجلس إدارة جديد يتابع كل واحد من اعضاءه، سير عمل قسم أو مجموعة أقسام في العتبة، فهو السلطة التشريعية الإدارية والمالية والرقابية العليا، إذ يقوم برسم السياسات والخطط والبرامج الإدارية والمالية والثقافية والهندسية والأمنية وغيرها الخاصة بالعتبة المقدسة والمزارات الشريفة الملحقة بها، ومتابعة تنفيذها بمقتضى القانون، كما يقوم بمناقشة وإقرار اللانظام الداخلي للعتبة وتعديلاته بما يتلائم وطبيعة المكان والزمان وبما يؤدي إلى تطويرها وخدمة زائريها كلما دعت الحاجة إلى ذلك، وفقاً لما هو منصوص عليه في القانون، وأصبح الأمين العام للعتبة المقدسة على رأس الهرم بدل اللجنة العليا المذكورة سابقاً ضمن الإدارة الشرعية الأولى والتي كانت تمارس فعلاً دور أميني العتبتين المقدستين حالياً ضمن القانون، والذي كان تحته إدارياً السيد المشرف على العتبة، حيث شـُكل مكتب للأمين ينظم أعماله، ومكتباً لنائبه، ويتمتع كل منهما بصلاحيات خاصة به حددها القانون 19 لسنة 2005م.
يتكون مجلس الإدارة من سبعة أشخاص ويتولى رئاسته الأمين العام حكما، ويعين نائباً وخمسة أعضاء، ويمارس المجلس الصلاحيات الآتية:
1- رسم السياسات والخطط والبرامج الإدارية والمالية والثقافية وغيرها الخاصة بالعتبة وبما يحقق الأهداف المنصوص عليها في هذا اللانظام (القانون الجديد).
2- مناقشة وإقرار اللانظام الداخلي وتعديله.
3- إصدار التعليمات الخاصة بإدارة وتسيير شؤون العتبة
4- مناقشة وإقرار الميزانية السنوية خلال الاشهر الستة الاولى من السنة.
5- اقتراح إجراء المناقلة بين أبواب الميزانية.
6- المصادقة على الحسابات الختامية للسنة المالية.
7- دراسة وإقرار فرص استثمار الأموال العائدة للعتبة على الوجه الأمثل.
8- تعيين رؤساء الاقسام وموظفي العتبة. 
9- إستحداث أو دمج أو إلغاء أو تغيير قسم تابع للعتبة وتحديد اختصاصاته وواجباته كلما دعت الضرورة الى ذلك.
10- منح المخصصات لموظفي العتبة والمكافآت والإعانات للموظفين وغيرهم وفقا للقانون.
11- الاستعانة بالخبراء العراقيين في أداء بعض المهمات المتعلقة بشؤون العتبة، وللمجلس بقرارٍ مسبب الاستعانة بخبراء أجانب وتحديد أجورهم ومكافآتهم.    
12- قبول أو رفض ما يقدم للعتبة من تبرعات أو أوقاف أو غيرها وفق ما تقتضيه مصلحة العتبة.
13- صرف واردات العتبة وفقا للضوابط الشرعية.
14- الرقابة والإشراف على الأقسام واللجان التابعة للعتبة.
15- القيام بجميع التصرفات القانونية من عقود وغيرها مما يتعلق بأنشطة العتبة وفقا للضوابط الشرعية والقانونية.
16-  تحديد مواعيد فتح الشباك وتشكيل اللجان الخاصة بذلك.
17- القيام بأي عمل او نشاط يؤدي الى تحقيق الأهداف المنصوص عليها في هذا اللانظام على النحو الأمثل وبما لا يخالف أحكام الشرع الحنيف والقوانين  النافذة.