تشكلت الأمانة العامة للعتبة العباسية المقدسة وفق المادة 1 من القانون 19 الخاص بالعتبات المقدسة لسنة 2005م التي نصت على تأسيس دائرة في ديوان الوقف الشيعي بأسم دائرة العتبات المقدسة والمزارات الشيعية الشريفة ومهمتها التنسيق بين أمناء العتبات المقدسة ورئيس ديوان الوقف الشيعي، نصت المادة 4 منه على قيام رئيس الديوان بتعيين أمين عام لكل عتبة واشترطت المادة في ذلك أن يحظى هذا التعيين بموافقة المرجع الديني الأعلى وعرفته المادة بأنه الفقيه الذي يرجع اليه في التقليد أكثر الشيعة في العراق ومن فقهاء النجف الاشرف، وتكون مدة تعيينه ثلاث سنوات قابلة للتجديد لولاية واحدة فقط أمدها ثلاث سنوات أيضا.